四川大学山区河流保护与治理全国重点实验室始于1988年5月由国家计委批准建设的“高速水力学国家重点实验室”，实验室于1992年通过国家验收，是我国最早的内陆水利水电工程领域国家重点实验室。
2005年4月，经科技部审核批准，实验室更名为“水力学与山区河流开发保护国家重点实验室”，成功实现了从传统水利水电工程领域向工程建设与山区流域生态环境保护并重的转变。
2023年3月，经科技部批复，重组为“山区河流保护与治理全国重点实验室”，在山区河流保护与治理领域更好地发挥国家战略科技力量作用。
山区河流保护与治理全国重点实验室属应用基础研究类，将充分发挥实验室地处山区河流问题突出、世界级水电工程密集的西南地区的区位优势，以及在山区河流保护与治理领域的坚实研究基础，瞄准“筑牢国家生态安全屏障”“流域生态保护与高质量发展”“推进西部大开发形成新格局”和“乡村振兴”等国家战略，以及“雅鲁藏布江下游水电开发”和“国家水网”建设等重大工程，聚焦山区河流演变规律与功能保护、山区河流生态保护与系统治理和山区河流灾害防治与风险防控等重大科技问题提出原创性新概念、新原理、新方法，实现山区河流功能修复、脆弱生态系统修复和灾害链防治关键核心技术突破，建设国际领先水平的山区河流保护与治理研究队伍和研究基地，力争在山区河流保护与治理领域实现国际领跑，为我国山区河流保护与治理提供有力科技支撑。
实验室承担国家973计划、863计划、科技支撑计划、重点研发计划和国家自然科学基金重点项目89项、国家重大工程科研项目300余项，成果应用于我国全部已开发水电基地所在山区流域，解决了一大批关键科技问题。共获国家科技奖励19项，其中以第一完成单位获国家自然科学二等奖3项、国家技术发明二等奖2项、国家科技进步二等奖1项。
实验室现有中国工程院院士3名、国家级人才25人次、国家级青年人才36人次。
